第2轮全部比分：

(J1)鹿岛鹿角5-0(JFL)冈崎丸安(J2)山形山神1-0(J2)长崎胜利丸(J1)札幌北海道人2-5(福岛县甲级)磐城FC(J1)清水心跳4-1(J3)北九州向日葵(J1)柏太阳神1-0(JFL)浦安布里奥贝卡(J2)町田泽维亚2-4(J2)大分三神(J1)FC东京1-1(PK4-5)(J3)长野伙伴(J2)冈山绿雉0-0(PK5-3)(JFL)FC今治(J1)大阪钢巴3-0(JFL)大分红色温泉(J2)千叶市原1-0(J2)东京绿茵(J1)磐田喜悦2-2(PK5-4)(JFL)本田FC(J2)湘南海洋1-0(关东大学乙级)国士馆大(J1)大宫松鼠3-0(关东乙级)前桥图南(J2)爱媛FC2-1(J2)讚岐釜玉海(J1)仙台七夕2-3(关东大学甲级)筑波大(J2)福冈黄蜂4-2(九州大学甲级)宫崎产经大(J1)浦和红钻3-2(J3)盛冈仙鹤(J2)水户蜀葵1-2(J2)熊本深红(J1)新潟天鹅2-1(关西甲级)加古川山贼十一人(J1)大阪樱花2-0(北信越大学甲级)新潟医疗福祉大学(J1)神户胜利船3-1(J3)富山胜利(J2)金泽共进2-0(J2)横滨FC(J1)横滨水手3-1(JFL)FC大阪(J2)京都桑加0-1(J3)沼津天蓝(J1)川崎前锋2-0(JFL)枥木葡萄(J2)山口维新1-2(J2)群马草津温泉(J1)甲府风林0-1(JFL)八户南乡源(J2)名古屋逆戟鲸6-0(中国)SRC广岛(J1)广岛三箭3-2(J3)鹿儿岛联(J2)德岛漩涡0-3(J2)FC岐阜(J1)鸟栖砂岩3-0(中国)松江城(J2)松本山雅4-0(长崎甲级)MD长崎第3轮比赛7月12日(水)进行，低等级球队有主场优势，对阵如下：(J2)山形山神vs(J1)鹿岛鹿角(福岛县甲级)磐城FCvs(J1)清水心跳(J2)大分三神vs(J1)柏太阳神(J3)长野伙伴vs(J2)冈山绿雉(J2)千叶市原vs(J1)大阪钢巴(J2)湘南海洋vs(J1)磐田喜悦(J2)爱媛FCvs(J1)大宫松鼠(关东大学甲级)筑波大vs(J2)福冈黄蜂(J2)熊本深红vs(J1)浦和红钻(J1)新潟天鹅vs(J1)大阪樱花(J2)金泽共进vs(J1)神户胜利船(J3)沼津天蓝vs(J1)横滨水手(J2)群马草津温泉vs(J1)川崎前锋(JFL)八户南乡源vs(J2)名古屋逆戟鲸(J2)FC岐阜vs(J1)广岛三箭(J2)松本山雅vs(J1)鸟栖砂岩

本轮，东京FC、札幌北海道人、仙台七夕、京都不死鸟、甲府风林等球队皆遭淘汰，

最大的冷门当属主场作战的J1球队仙台维加泰2-3被筑波大学逆转，筑波大学球队中场三苫薰与仙台维加泰前锋中野嘉大梅开二度，未来将要加入磐田喜悦的球队核心中岛诚也打进了扳平比分的一球。筑波大学今年代表关东大学联盟参加本次天皇杯，结果在第二轮就抽到了目前在J1联赛排名第11的仙台维加泰。但是第6分钟，筑波大学就反客为主，三苫薰帮助球队先拔头筹。仙台维加泰挨了当头一棒后迅速调整状态，并在第31分钟时依靠筑波大学毕业生中野嘉大的进球扳平比分。上半场结束，双方1-1战平。易边再战后第50分钟，中野嘉大瞄准球队外援克里斯兰送出的传中竟然神奇般地飞进了球门，仙台幸运地反超了比分。筑波大学马上展开反击。第65分钟，球队右侧开出角球，球队核心中野诚也头球扳平。紧接着第73分钟，筑波大学抓住仙台队后防线出现的失误，三苫薰低射破门，梅开二度的同时再次将比分超出。最终，筑波大学爆冷在客场逆转仙台维加泰，爆出了一个大冷门。上一次大学队击败J1队是在年，J1联赛的大宫松鼠3-5输给了福冈大学。